В ответ на пандемию коронавируса NVIDIA предложила вооружиться инструментами, призванными понять природу Covid-19 и найти ему эффективное противодействие. В настоящее время компания бесплатно предоставляет 90-дневную лицензию на Parabricks всем исследователям нового коронавируса.
Программное обеспечение Parabricks по секвенированию генома основано на популярном наборе инструментов Genome Analysis и работает на базе GPU, ускоряя анализ данных в секвенциях до 50 раз. NVIDIA следит за ситуацией и выразила готовность продлевать доступ по мере необходимости. Все, кто имеют доступ к графическим процессорам NVIDIA, могут заполнить форму и получить лицензию на Parabricks.
В настоящий момент исследователи секвенируют как геном коронавируса, так и геномы людей, заболевших Covid-19, чтобы понять, как распространяется болезнь и кого она затрагивает в первую очередь. Однако анализ последовательностей геномов занимает много времени и требует существенных вычислительных ресурсов.
Команда Parabricks вошла в состав NVIDIA в декабре 2019, дополнив существующий инструментарий NVIDIA новейшими разработками в области секвенирования генома. Инструменты Parabriks помогают сократить время определения вариантов генома человека от дней до часа всего на одном сервере. Учитывая беспрецедентную скорость развития пандемии, быстрое получение результатов поможет быстрее понять эволюцию вируса для создания эффективных вакцин.
В настоящий момент NVIDIA также обдумывает возможность предоставления вычислительных ресурсов и доступа к Parabricks на платформах провайдеров облачных сервисов и суперкомпьютерных центров.
Также компания отметила, что для исследователей, работающих с секвенированием с длительным считыванием Oxford Nanopore, на GitHub доступен репозитарий инструментов, ускоряемых на GPU. Ускорение на графических процессорах NVIDIA также поддерживают такие приложения, как Medaka, Racon, Raven, Reticulatus, Unicycler.
Источник: 3dnews
